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Dom João Santos Cardoso nasceu em 03 de dezembro de 1961, no município de Dário Meira, Estado da Bahia, sendo filho de João Francisco Cardoso (in memoriam) e Maria Ferreira dos Santos, pertencente a uma família católica e numerosa, composta por 12 irmãos sendo 7 mulheres e 5 homens.  

Seu ciclo inicial de formação ocorreu na Escola Clemente Mariani e no Ginásio Cenecista, em Dário Meira (BA). Cursou o ensino médio no Colégio Diocesano de Conquista, na cidade de Vitória da Conquista (BA). Em 1982, concluiu o Bacharelado em Filosofia, no Seminário Maior do Nordeste, em Teófilo Otoni (MG) e, em 1985, concluiu o Bacharelado em Teologia, no Instituto de Teologia de Ilhéus, em Ilhéus (BA). Em 1995, obteve a Licenciatura em Filosofia, no Centro Universitário da Assunção (UNIFAI), em São Paulo (SP). Em 1998, finalizou o Mestrado em Filosofia e, em 2002, concluiu o Doutorado em Filosofia, ambos pela Pontifícia Universidade Gregoriana, Roma, Itália. 

Foi ordenado sacerdote na Arquidiocese de Vitória da Conquista, em 27 de dezembro de 1986, por Dom Celso José Pinto da Silva. Naquela Arquidiocese, desempenhou diversas funções e ministérios eclesiásticos, como por exemplo: administrador paroquial da Paróquia São Miguel Arcanjo, em Vitória da Conquista; coordenador da Comissão Rural Diocesana; coordenador da Escola Bíblica Diocesana; coordenador do Curso de Teologia para Leigos; reitor do Seminário Maior de Filosofia; reitor e professor do Instituto de Filosofia Nossa Senhora das Vitórias; administrador paroquial da Paróquia Senhor do Bonfim, de Barra do Choça; assessor do Movimento de Educadores Cristãos; capelão universitário da Capela Universitária São Vicente de Paulo, em Vitória Conquista; assessor arquidiocesano da Pastoral da Juventude; coordenador do Projeto Presença Cristã Universitária; pároco da Paróquia Nossa Senhora das Graças, na cidade de Vitória da Conquista;  membro do Colégio de Consultores, do Conselho Presbiteral, do Conselho de Formadores e do Conselho Pastoral Arquidiocesano; atuou como Coordenador Arquidiocesano de Pastoral; Vigário Regional do Vicariato São Lucas e representante do clero na Comissão Regional dos Presbíteros.  

Além de suas atividades pastorais e religiosas, foi professor de Filosofia e Ética na FTC, e de Filosofia, na Faculdade Juvêncio Terra, ambas em Vitória da Conquista. Em 2005, através de concurso público, foi contratado como Professor Adjunto do Departamento de Filosofia e Ciências Humanas, da Universidade Estadual do Sudoeste da Bahia (UESB). Exerceu ainda a função Professor do Instituto Católico de Estudos Superiores do Piauí.

Em 14 de dezembro de 2011, foi eleito Bispo pelo Santo Padre Bento XVI para a Diocese de São Raimundo Nonato (PI). Em 12 de fevereiro de 2012, foi ordenado Bispo, em Vitória da Conquista, tendo como ordenante principal Dom Luís Gonzaga Silva Pepeu (então Arcebispo Metropolitano de Vitória da Conquista) e como co-ordenantes Dom Celso José Pinto da Silva (Bispo emérito de Teresina – PI) e Dom Geraldo Lyrio Rocha (Arcebispo Metropolitano de Mariana- MG). Adotou como lema episcopal "Naquele que me fortalece". Em 17 de março de 2012, tomou posse como 3º Bispo Diocesano da Diocese de São Raimundo Nonato. No Regional Nordeste IV da CNBB (Piauí), foi o Bispo referencial para a Comissão dos Presbíteros e para a Pastoral Universitária. 

Em 24 de junho de 2015, foi nomeado Bispo para a Diocese de Bom Jesus da Lapa (BA), tendo sua transferência concluída com a posse no dia 25 de setembro de 2015. Neste período, exerceu a missão de ser membro da Comissão Episcopal para a Doutrina da Fé, da CNBB, de 2015 a 2019, como também a de Presidente do Regional Nordeste 3 da CNBB, entre os anos 2019 a 2023. 

Durante os oito anos de sua missão episcopal na Diocese de Bom Jesus da Lapa, deu continuidade à obra de seus antecessores. Criou três novas paróquias; ordenou oito sacerdotes diocesanos; promoveu o advento de três novas Congregações Religiosas Femininas para a referida Diocese; realizou visitas pastorais nas paróquias e vários eventos eclesiais. Promoveu as assembleias sinodais diocesanas que resultaram na elaboração do Diretório da Administração Eclesial, dos Sacramentos, Litúrgico e Pastoral. Através das Assembleias Diocesanas e das reuniões dos Conselhos Diocesanos de Pastoral e Presbiteral, conduziu a ação diocesana evangelizadora, elaborou e atualizou os Planos de Pastoral da Diocese, com base nas Diretrizes Gerais da Ação Evangelizadora da Igreja no Brasil.

Obedecendo ao chamado de Cristo por meio da Igreja, em 5 de julho de 2023, o Santo Padre, o Papa Francisco, o nomeou como 7º Arcebispo Metropolitano de Natal (RN), tomando posse no dia 7 de outubro de 2023, na Catedral de Nossa Senhora da Apresentação, dia de Nossa Senhora do Rosário.