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Em 27 de Janeiro de 1925 o bispo da época, Dom José Pereira Alves, apresentava um novo currículo escolar para o Seminário de São Pedro. Esse currículo encontra-se redigido no livro de crônicas da seguinte maneira:

Curso preparatório (correspondente ao Seminário Menor)

Curso de Filosofia (Correspondente ao Seminário Maior)

Curso de Teologia

No ano seguinte, em 1927, foi reaberto com o retorno dos seminaristas para Natal. Os seminaristas foram para as dependências do Colégio Diocesano Santo Antonio. Mas, por falta de melhores condições de funcionamento nesse lugar, foi transferido para a residência episcopal situada à rua Cel. Bonifácio (atual Santo Antônio) ficando no Colégio apenas o dormitório dos seminaristas. Naquele mesmo ano Dom José Pereira Alves, vendo que o Seminário encontrava-se em precárias condições, conseguiu com o Governador José Augusto que os seminaristas fossem residir num prédio do Estado, onde hoje funciona o Aero-Clube na Av. Hermes da Fonseca. Como Natal não era ainda Arquidiocese o Seminário ficou apenas com o ginasial, o Seminário Maior foi fechado, por determinação da Santa Sé, como aconteceu com outros seminários sediados em pequenas Dioceses. Só as Arquidioceses naquela época poderiam ter Seminário Maior. A partir desse fato, penas o Menor continuaria a funcionar até a reabertura do Seminário Maior que aconteceria 50 anos depois.Mesmo com todo esforço, segundo o livro de crônicas de 1925, o Seminário é fechado no final deste ano por motivos financeiros e falta de meios adequados para a formação intelectual dos seminaristas. Foi reaberto no início de 1926, mas em 21 de março, após a missa dominical é novamente fechado, conforme telegrama recebido pelo Reitor no dia 7 de março. O telegrama dizia: "Agradeço querido amigo sua dedicação pt Ouça Cônego Dantas a quem telegrafei fechando provisoriamente Seminário. Bispo de Natal" (Dom José Pereira Alves, encontrava-se no Rio de Janeiro). No mesmo dia o Côn. Estevão Dantas –encarregado do Bispado na ausência do Bispo – recebeu o seguinte telegrama: "Feche provisoriamente Seminário pt Escreva Arcebispo e Reitor Paraíba pedindo aceitar seminaristas..." Tendo obtido resposta positiva do Arcebispo da Paraíba, todos os alunos foram transferidos para o Seminário de João Pessoa, outros para o Seminário da Prainha em Fortaleza, São Paulo e Belo Horizonte.